洁净室主要根据室内洁净度、气流形式、控制对象、室内净高和结构特点分类。按室内洁净度分类主要分为1级、10级、100级、10000级、10000级。按气流形式分类分为单向流、矢流式和乱流式。按控制对象分类分为工业洁净室和生物洁净室。前者以空气中的悬浮尘埃为控制对象，后者以悬浮生物粒子(微生物)为控制对象。按室内高度分类，分为低层洁净室和高层洁净室。前者室内净高低于3m，后者超过3m。